本发明涉及一种拉曼光谱检测中的荧光背景抑制系统及抑制方法。所述抑制系统包括拉曼激光器和编码孔径光纤拉曼光谱分析模块；在所述拉曼激光器的激发光输出端连接有激发光纤，在激发光纤的传输光路中依次设置有激发光纤准直镜、激发光纤耦合镜和窄带滤光片；在所述编码孔径光纤拉曼光谱分析模块的信号输入端连接有编码孔径光纤阵列，所述编码孔径光纤阵列外接收集光纤，在所述收集光纤的传输光路中依次设置有收集光纤准直镜、收集光纤耦合镜和高通拉曼滤光片；所述激发光纤与所述收集光纤在自由端汇聚成束后集结成拉曼信号激发/收集光纤探头；所述拉曼信号激发/收集光纤探头中的激发光纤位于轴心位置，收集光纤以激发光纤为中心密集排布。