本实用新型涉及电子显微镜样品台冷却技术领域，提供一种基于制冷机间歇工作的扫描电子显微镜制冷系统。制冷系统包括第一真空腔体、第二真空腔体、制冷机、蓄冷装置及样品台，制冷机位于第一真空腔体内，样品台及蓄冷装置均位于第二真空腔体内，制冷机的冷端与蓄冷装置相连，样品台安装在蓄冷装置上。本实用新型提供的基于制冷机间歇工作的扫描电子显微镜制冷系统，制冷机产生的冷量传递至蓄冷装置进行储存，进而传递至样品台进行降温，可以使样品台的温度长时间保持恒定，避免样品台快速升温，这样制冷机可以在样品台上的样品被观测时处于关闭状态，从而在保障样品台在温度符合要求的同时避免制冷机传递来的振动影响样品观测效果。