本实用新型公开一种船机发动机系统及船机，属于船舶冷却控制技术领域。船机发动机系统，包括发动机、供气系统、热交换器和海水泵，供气系统包括增压器和中冷器，气体依次通过增压器和中冷器后进入到发动机中；热交换器与发动机连通形成内冷却循环回路；海水泵能将海水依次泵入中冷器和热交换器中形成外冷却循环回路，海水泵设置有用于控制其开启的启动开关，中冷器和热交换器之间的冷却通路设置有控制阀，控制阀能选择性将经过中冷器的海水直接排出至大海或流入热交换器中。船机包括上述船机发动机系统。本实用新型中避免了海水泵在发动机无需冷却时持续做功，导致附加功累计损耗大以及能源浪费的现象。