本实用新型涉及茶叶发酵技术领域，具体为一种普洱茶微生物发酵系统，包括发酵箱，发酵箱的内部为圆柱形中空腔体，且圆柱形中空腔体开口方向朝上，发酵箱的内壁上设有多个加热灯，发酵箱的前表面靠近底部处通过螺栓固定有储液箱，发酵箱的前表面位于储液箱的上方处安装有水泵，水泵的进水端连接有进水管，进水管远离水泵的一端延伸至储液箱的内部，水泵的出水端连接有出水管，出水管远离水泵的一端延伸至发酵箱内部且螺纹连接有环形管，该普洱茶微生物发酵系统，能够很好的除去发酵箱内的空气，有利于发酵箱内厌氧微生物的繁殖，加快了茶叶的发酵速度，提高了工作效率。