本实用新型涉及微生物发酵技术领域，具体为一种微生物发酵的恒温控制箱，包括发酵箱，位于发酵箱顶端的开口位置处设有上盖，上盖的内表面紧密粘接有密封环，发酵箱底壁安装有恒温控制器，发酵箱内的分割环内圈设有环形挡板，环形挡板与发酵箱的内壁之间形成环形槽。该微生物发酵的恒温控制箱，当上盖转动至与发酵箱顶端开口闭合的状态时，密封环提高上盖与发酵箱顶端开口之间的密封效果，且当密封环伸入环形槽内的溶液内时，使得溶液将外界空气与发酵箱内空气相互隔绝，进一步提高密封效果，防止空气中的微生物钻入发酵箱内影响发酵效果，解决微生物发酵用恒温控箱密封效果差的问题。