本实用新型公开了一种微生物发酵的恒温控制箱，包括箱体，所述箱体顶部一侧通过转轴转动安装有密封盖，且所述箱体顶部另一侧通过卡扣与所述密封盖连接，所述箱体底面中心转动安装有安装座，所述安装座顶面开设有卡接槽，所述安装座底部中心传动连接有转动电机，所述转动电机固定安装在箱体外部，所述卡接槽内插接有搅拌轴，所述搅拌轴顶部中心开设有锥槽，所述锥槽内相匹配插接有锥柱，所述锥柱转动安装在密封盖底面中心，所述搅拌轴侧壁均匀间距设置有若干加热棒，所述加热棒电连接有恒温控制系统。本实用新型有效保证了箱体内部微生物受热的均匀性，同时搅拌轴拆卸安装均很方便，有利于人们对加热棒进行清洗维护。