本实用新型属于药物筛选领域，具体涉及一种加热密封过滤装置及其高通量药物共晶筛选系统。本实用新型提供的加热密封过滤装置包括加热过滤机构、滤液接收机构和负压产生机构，加热过滤机构包括依次层叠设置的加热板层、第二弹性密封层、过滤层、第二紧固层、第三弹性密封层，穿刺件先经加热板层后穿过第二弹性密封层、过滤层再伸至第四间隙内以使接收件的容腔形成负压环境，然后导入件将待过滤料液并输送至第一间隙内的过滤层上，在容腔负压作用下实现微量高通量过滤。通过微量反应体系高通量的完成共晶合成筛选，提高了效率，降低了成本，缩短了周期，在活性药物成分的共晶筛选以及理化性质的筛选方面将具有广阔的前景。