本实用新型公开了一种冻干机高速进料系统，包括进料轨道、设于进料轨道与冻干机板层之间的进料平台、用于将进料轨道内的瓶体推送至进料平台上的第一推料机构以及用于将进料平台上的瓶体推送至板层上的第二推料机构，第一推料机构位于第二推料机构远离板层的一侧，第二推料机构包括高度可调的第二推杆及驱动第二推杆往复移动的第二驱动组件，进料平台两侧均设有导轨，第二推杆两端分设于两根导轨上。本实用新型进一步公开了其进料方法，包括步骤：S1、单排推料；S2、整板层推料；S3、第二驱动组件驱动第二推杆返回，同时执行步骤S1，直至板层完成进料。本实用新型具有结构紧凑、占用空间少、生产效率高等优点。