本实用新型涉及质谱设备的流体过滤系统和质谱设备，其中流体过滤系统包括第一滤芯、第二滤芯、进气阀、排气阀和泄污阀，进气阀分别与第一滤芯和第二滤芯连接，用于向第一滤芯和第二滤芯送入带有杂质的流体，两个出气端不可同时打开；排气阀分别与第一滤芯和第二滤芯连接，用于将第一滤芯和第二滤芯过滤处理的干燥的流体通过排气阀排出供质谱设备使用；泄污阀分别与第一滤芯和第二滤芯连接；第一滤芯和第二滤芯连接有反吹管路，反吹管路上设有限流阀；实现第一滤芯和第二滤芯工作与再生交替切换，可实现滤芯在线原位再生，无需进行拆卸，提高工作效率，降低更换时间。