本实用新型公开了一种涡旋振荡机构及质谱样本制备系统，质谱样本制备系统包括涡旋振荡机构，涡旋振荡机构包括：安装座；涡旋振荡组件，包括第一驱动组件和支撑座，第一驱动组件设置于安装座上，支撑座设置于第一驱动组件的顶部并用于放置孔板，第一驱动组件能够驱动支撑座做圆周运动；夹持组件，包括第二驱动组件和两个夹持部，第二驱动组件设置于安装座上，两个夹持部可滑动地设置于支撑座上并用于夹持孔板，第二驱动组件能够驱动两个夹持部相互靠近或远离。上述的涡旋振荡机构自动化程度高，有利于降低操作人员的劳动强度，且相比于手动压紧孔板的方式，具有更高的可靠性，有利于提高对孔板进行涡旋振荡处理时的转速，从而有利于充分处理样本。