本发明公开了一种适用于工程船的排液采气作业系统及作业方法。所述排液采气作业系统包括高压隔水管和连续油管；高压隔水管的一端连接水下井口，水下井口处设有水下防喷器；高压隔水管的另一端延伸至工程船上；连续油管设于高压隔水管内，述连续油管的一端延伸至井筒处，另一端延伸至高压隔水管的外部；高压隔水管与连续油管之间形成的环空与连续油管形成了排液采气的循环通道；高压隔水管上配合四通，四通的第三个分支与返出液回收罐相连通，第四个分支与节流压井管线连通；连续油管的游离端与储液罐相连通。本发明既可以用于常规钻井作业船，也可用于工程船上，适应性强，作业灵活方便，可广泛应用于采用水下井口开发模式的深水油气田的钻完井、修井作业。