本发明涉及一种自主行驶作业系统以及作业车辆。该自主行驶作业系统具备：车体部，其能够装配作业机；位置信息获取部，其获取所述车体部的位置信息；指令输出部，其输出将所述作业机控制为作业状态或非作业状态的指令；作业机控制部，其根据所述指令而对所述作业机的作业状态进行控制；以及设定部，其设定通过所述作业机控制部的控制而对所述作业机的作业状态与非作业状态进行切换的基准位置，所述基准位置设定在：从作业区域与非作业区域之间的边界离开规定距离的位置，在所述车体部位于所述边界到所述基准位置之间的情况下由所述指令输出部输出所述指令。