本发明公开了一种双段扑翼飞行器机架，包括机架中板、机架后板、机架撑板、电装模组、上骨架、下骨架、尾舵模组、机架尾板。本发明设计了一种双段扑翼飞行器机架，通过三根碳纤维杆做骨架，固定各个机架板，同时为飞控、舵机提供了一个安装平面。本发明解决了由于扑翼在空中扑动冲击影响下，尾部刚度不足，尾舵控制力较弱而导致飞行品质下降的问题；相较于采用单根主梁或者主梁加支撑的结构方式，采用三根碳纤维杆做骨架，结构简单，装配方便，提升整体刚度，使尾舵在扑动过程中因机身刚度不足的形变更小，降低飞行控制难度。