本发明公开了一种基于水环境耦合模型的水质快速模拟方法和系统，通过实测资料或遥感影像准备形式简单的地形数据，以生成二维地形网格；搭建规范的数据框架，统筹考虑非点源、点源和内源等多种污染要素以及水动力、水质迁移转化等全过程；推荐参数的合理取值范围及调整方法，提供一套耦合模型快速验证的思路；嵌合以点源为精准管控目标的水环境容量计算模型，并实现水质模拟、分析结果的可视化表达。本发明提供的水质模拟方法和系统考虑的污染源类型多、物理机制过程全面，在数据处理上相比传统的水质松散耦合模拟方式更简捷、高效，得到的水质预测结果也更加精准，能够服务于水环境质量的实际管理。