本发明提供一种复层结构的制造方法及复层结构，其中复层结构的制造方法包含第一贴合步骤、第二贴合步骤、开口形成步骤、第三贴合步骤及移除步骤。第一贴合步骤将保护膜贴合于外层件。第二贴合步骤将中间件贴合于外层件，并形成外层。开口形成步骤切割外层，并形成多个开口，开口贯穿保护膜、外层件及中间件。第三贴合步骤，将内层贴合于中间件。移除步骤移除保护膜，并获得复层结构。通过保护膜的贴合，可令复层结构更能承受拉扯或辗压的应力，并防止开口破裂，进而可大幅增加复层结构的成品的良率。