本申请公开了一种测定核酸序列的方法、核酸序列测定系统、计算机可读存储介质和计算机程序产品，测定核酸序列的方法包括：将设有第一流道和第二流道的旋转阀转动至第一阀位置，以连通第一存储器和反应装置；在旋转阀处于第一阀位置的情况下，使第一反应液经过第一流道进入反应装置以进行第一反应；将旋转阀转动至第二阀位置，以连通第二存储器和反应装置；在旋转阀处于第二阀位置的情况下，使第二反应液经过第二流道进入反应装置以进行第二反应，以实现该核酸分子的序列测定。如此，转阀处于不同的位置可以实现对不同液体的流向进行独立控制、操作，使得核酸分子的序列测定更加容易实现。