本发明提出一种脑部多巴胺转运体检查系统的运行方法，其包含以下步骤。从扫描仪取得受测者的脑部的扫描影像，扫描影像为三维影像；将扫描影像对位到标准脑空间，以得出正规化扫描影像；对正规化扫描影像进行影像强度标准化；将影像强度标准化后的正规化扫描影像转换为一二维影像；对二维影像的至少一感兴趣区域剪裁出多个影像数据，感兴趣区域包含左侧尾核、左侧壳核、右侧尾核与右侧壳核；基于多个影像数据，以一迁移学习建立一多巴胺神经元丧失程度度量评估模型，使影像被分类在最可能的神经元丧失阶段，提供核医科医师在每一次进行脑部多巴胺转运体检查的判读时，作为一种额外的辅助诊断模式，进而提升临床医师的诊断率与治疗结果。