本发明属于激光加工技术领域，涉及一种封装基板的激光加工方法及激光加工系统，封装基板包括层叠设置的绝缘层和覆铜层；激光加工方法包括如下步骤：根据第一加工轨迹，沿绝缘层至覆铜层的方向上，采用第一激光束对绝缘层加工出第一凹槽；根据第二加工轨迹，于第一凹槽的槽底，采用激光束组对绝缘层依次进行至少两次分层加工以加工出第二凹槽，并露出覆铜层；其中，第一激光束的激光加工参数为第一激光加工参数；激光束组中各激光束的激光加工参数与第一激光加工参数不同；第一凹槽的横截面积大于第二凹槽的横截面积。该封装基板的激光加工方法及激光加工系统提供的技术方案能够减小残留于覆铜层的加工残屑，有效避免加工过程对覆铜层造成损伤。