本发明公开了一种车辆温控系统及其控制方法，其属于乘用车温度调节技术领域，车辆温控系统包括制冷组件，设置于车辆中与出风口连通的风道内，且制冷组件与出风口的距离小于第一预设距离；加热组件，与制冷组件间隔设置于风道内，且加热组件与出风口的距离小于第二预设距离；温度传感器，固定于风道内，温度传感器与出风口的距离为第三预设距离；控制组件，分别与制冷组件、加热组件及温度传感器连接，控制组件用于根据温度传感器传输的温度信号及输入的目标温度信号确定控制信号，以及用于向制冷组件或加热组件发送控制信号。本发明能够根据不同的需求，对每个出风口的温度进行单独调控，以满足不同乘员的舒适性要求，且具有较高的灵活性。