本发明公开了一种基于迭代离散小波背景扣除的痕量元素XRF测定方法，将待测样品的原始检测谱线信号做L层一维离散小波分解，得到每层的一次低频逼近系数，选择最优分解层及对应的一次低频逼近系数a_v；然后对一次低频逼近系数a_v进行迭代离散小波分解，当连续N次相邻两次迭代结果的差值均小于预设精度时，停止迭代，并将最近一次迭代结果作为近似背景信号，进而得到扣除背景后信号；分别计算康普顿峰散射强度和目标元素的特征X射线荧光强度，近似处理后，得到目标元素的定量分析值。本发明所述方法可有效避免峰值的偏移和原谱图信号峰面积的影响，提升痕量元素的定量检测精度，将检测信噪比提升三倍以上，降低痕量元素的检出限。