本实用新型公开了一种微电子生物集成传感器芯片结构，包括承载架以及连接在承载架之间的传感器单元，所述承载架包括柔性顶板、柔性底板，所述柔性顶板与柔性底板之间设有柔性上电极、柔性下电极，所述柔性上电极、柔性下电极分布在承载架内部两侧，所述柔性上电极、柔性下电极设有连接块，所述传感器单元位于承载架内部中心位置，所述传感器单元包括密封装置、固定装置、分子识别探针层，本实用新型在微生物集成传感器芯片的分子识别探针层外设有保护装置，防止传感器在未使用的时候遭受的感染或者破坏，从而保护传感器不被破坏。