本实用新型提供一种神经外科导航手术自动配准参考架，由参考架组件及参考架基座组件组成，参考架组件包括参考架体；参考架基座组件包括参考架基座，参考架体的中部至少设置有一个定位装置，定位装置的外圈至少设置有一个反光球安装座，反光球安装座上设置有反光球；定位装置与参考架基座的一侧端面连接；参考架基座的另一侧端面上设置有数个定位球后通过双面泡棉胶带粘接在患者头部。本实用新型结构简单，解决了传统的点配准与面配准存在的缺陷，同时采用了一次性的参考架基座组件，可以方便的贴在患者头部完成CT扫描操作，尤其是参考架基座组件小巧，重量很轻，并不会影响患者的正常活动。