本实用新型提供一种微载体清洗装置，其特征在于包括：清洗瓶、缓冲液瓶和废液瓶；所述清洗瓶上口的密封盖上连有通气管路和向清洗瓶进液的进液管路，进液管路的另一端穿过缓冲液瓶盖插入缓冲液瓶底部，缓冲液瓶盖上也设有通气管路；所述清洗瓶内部靠下方设有拦截微载体的滤网，在滤网水平以下的清洗瓶身上设有出口；出口上连有清洗瓶排液的出液管路，出液管路的另一端穿过废液瓶盖插入废液瓶内，废液瓶盖上也设有通气管路；所述进液管路、出液管路和三条通气管路上均有软管夹。配合真空压力两用泵，使用时驱动液体自缓冲液瓶经进液管路流入清洗瓶，混匀洗涤微载体后，驱动液体自清洗瓶流入废液瓶。本实用新型结构简单，使用方便，节省清洗时间。