本实用新型公开了一种原子力显微镜定位基座，涉及显微镜技术领域。本实用新型包括主体，主体顶部的一侧固定有固定板，主体的两端均固定有传动电机，传动电机一端的四个端角均开设有通孔，传动电机与主体通过螺栓贯穿通孔连接，传动电机的输出端卡接有螺纹杆，螺纹杆远离传动电机的一端螺纹连接有连接块，连接块的内部开设有螺纹槽，连接块与螺纹杆通过螺纹槽螺纹连接。本实用新型通过螺纹杆与连接块以及支撑板与夹板的配合，使得装置在使用时能够对原子力显微镜的横向固定更加的紧固，且通过把手与连接杆以及复位弹簧与固定块的配合，使得装置在使用时能够根据显微镜底座的长度进行调节长度固定距离。