本申请公开了一种肝胆管及胆道结石的图像分割系统，在第一编码器‑解码器中，在下采样阶段对小目标区域进行特征学习，并在上采样阶段进行特征融合，并且下采样提取了低层多尺度时域上下文特征，用于后续的逐层特征融合；在第二编码器‑解码器模块中，上采样阶段融合了低层多尺度时域上下文特征与高层双向时域上下文特征，并获得原始分辨率尺寸的预测序列图，从而获得更准确的位置和分类信息；通过改进的损失函数对分割网络模型进行训练，以增加序列图像切片间时域上下文信息的关注，使之更适应于处理序列图像。从而解决了现有技术对于肝胆管结石病的CT图像中的肝胆管及胆道结石分割，不能同时兼顾精确度和高效率的技术问题。