本发明是一种基于双层控制的光储联合系统控制方法，包括：建立指标；以及根据所建立的指标构建光储系统容量优化配置目标函数模型F，所述模型F以全寿命周期内经济性最优为目标；设计光储联合系统的双层控制，外层控制能够在保证可靠供电的前提下保证经济性最优，并能通过内层控制的能量优化管理方法保证储能单元的寿命和效率最优，确保能够找到光储联合系统的最优配置；遵循一定约束配置光储联合系统的容量，并实施如上所述控制方法，根据目标函数F，确定当F取最小值时唯一的光储联合系统配置。本发明在保证系统全寿命周期经济性最优的同时能够保证系统稳定运行，能为光储电站的建设提供指导。