本发明公开了一种基于候选基因甲基化测序和深度学习的抑郁症评估方法及系统，所述方法包括：构建原始数据集，并进行数据预处理得到实验数据集；对实验数据集进行特征选择，筛选出抑郁症患者和健康对照的差异特征，构建输入数据集；将输入数据集按照一定比例划分训练数据集和测试数据集；创建识别抑郁症患者与健康人群的深度学习模型，利用训练数据集对构建的深度学习模型进行训练；利用测试集对训练好的深度学习模型进行性能评估，并在验证评估过程中对模型进行不断优化，得到最优模型。本发明可以对潜在抑郁症患者进行快速初步评估，避免临床医生在访谈测评以及患者在自我测评时引入主观因素，对结果产生影响，提高抑郁症诊断的精准度。