本发明提供一种石英半球谐振子原位形性检测离子束抛光原子制造装备及方法，装备包括数控系统、安装在机床上的微尺度移动平台装置以及安装在机床底座上的原位形性检测装置、频差检测装置、离子束加工装置、传送装置和工作台，数控系统接收由原位形性检测装置测得的石英半球谐振子形位精度和轮廓及由频差检测装置测得的石英半球谐振子频差，进行精确计算，生成指令传送回微尺度移动平台装置，带动夹具进行移动，同时控制离子束加工装置，对石英半球谐振子进行精密加工。本发明可显著降低废品率，对石英半球谐振子高质高效地进行精密加工。