提供在系统停止时能够对水电解装置及电化学式氢升压装置恰当地进行减压的氢‑氧制造系统的控制方法及氢‑氧制造系统。氢‑氧制造系统(1)的控制方法中，氢‑氧制造系统(1)具备：水电解装置(10)，其使电流流入阳极及阴极而对液态水进行电分解；氢气升压部(42)，其在比水电解装置靠下游处，使电流流入升压部阳极及升压部阴极而对氢进行升压。控制装置(70)控制流入水电解装置的电流、以及流入氢气升压部(42)的电流。控制装置在氢‑氧制造系统停止时，进行第一减压处理，以使氢气升压部的升压部阴极的减压速度不超过基本减压速度，并且进行第二减压处理，以使水电解装置的阳极的减压速度不超过升压部阴极的减压速度。