本发明公开了一种基于矩阵分解模型的出行轨迹还原方法及系统，所述方法包括：获得第一感知区域信息；根据第一分区信息对所述第一感知区域信息进行分区，获得N个网格记录；基于所述网格记录，构建第一感知矩阵；根据第一用户出行信息、第一分区信息，构建用户稀疏矩阵；对所述第一感知矩阵、所述用户稀疏矩阵进行矩阵分解分析，构建矩阵分解模型；基于所述矩阵分解模型对所述用户稀疏矩阵进行恢复，获得用户完整矩阵。解决了现有技术中存在无法确定确诊人员完整出行轨迹，导致疫情扩散的技术问题。达到了智能化完善确诊人员出行信息，精准追踪所有密切接触人员，控制疫情持续扩散的技术效果。