本发明公开了一种光子数的绝对标定方法及系统，方法包括使用能量计测量激光器出射单个激光脉冲的光子数A；激光器发射一束激光脉冲进入大气，经过大气的散射后进入望远镜阵列中的一台望远镜，转化为数字信号B；在刚刚下雪后的晴朗天气或无下雪情况的天气下，重复上述步骤，得到望远镜绝对增益G，获得无下雪天气状况下的激光器出射和到达望远镜入口处光子数比例fi；对于望远镜阵列的其它望远镜，重复上述步骤，得到激光器出射和到达所有望远镜入口处的光子数比例；通过散射进入不同望远镜视场范围的比例系数，求解出大气对光子的衰减比例g1；最后，获得实际产生的切伦科夫光子数。本发明更加准确，拥有单色性好的优点。