本发明提供了一种基于混合折叠基片集成波导谐振腔的高选择性带通滤波器，由上至下包括顶层金属层、上层介质层、中间金属层、下层介质和底层金属层，在中间金属层上设置由六组金属化通孔组成的第一谐振腔、第二谐振腔和第三谐振腔，在第一谐振腔和第三谐振腔的两个短边上设置相对的过渡结构和第一矩形槽，在第二谐振腔上设置L形槽以及第二矩形槽。本发明通过改变第二矩形槽的长度可得到两种不同的灵活的频率响应，并且过渡结构的圆弧状第一微带线引入的源与负载的耦合能够在不增加滤波器尺寸的基础上引入一个额外的可控传输零点，从而进一步提高滤波器的选择特性和带外抑制水平。本发明设计结构简单且紧凑，选择特性及带外抑制好，插损低。