本发明提供了一种基于层次聚类组合的软件架构恢复方法，包括：构建软件源代码中的函数实体之间的关系；使用五种相似度计算方法分别计算函数实体间的相似度；基于每种相似度计算算法计算出的相似度，使用CL、WCA、LIMBO三种层次聚类算法分别对函数实体进行聚类；将每种聚类结果用描述矩阵的形式表示；使用主成分分析的方法将表示每种聚类结果的描述矩阵进行组合，得到多维矩阵；从多维矩阵中恢复出最终层次结构，以实现软件结构的恢复。本发明使用主成分分析，将可以描述和考虑软件实体间的各种关系的多个矩阵进行组合降维，组合结果尽可能地保留了各个聚类算法的基本信息，从而提高从基于聚类恢复的软件架构与真实架构的准确度。