本发明是一种基于自适应迭代步的自然循环系统特性多尺度模拟方法，其特点是，包括建立自然循环系统、设计交互参数自适应收敛判据、构建自适应收敛阈值函数。采用自然循环系统的驱动压头和总阻力压降间的定量关系更新交互流速；将一维和三维程序交互参数的方差作为判断三维程序计算参数是否达到稳定的收敛阈值；基于历史交互流速构建收敛阈值的自适应函数，实现耦合程序快速收敛至精确值。本发明具有自适应能力强、高效易行和不依赖经验等优点。特别适用于分析具有复杂结构热源的自然循环系统流动与换热特性。