本发明属于植物油脱胶技术领域，具体公开一种深度酶法脱胶装置及工艺，包括原料油储罐，与原料油储罐出口相连的自清洗过滤器，还包括高位酸储罐，高位酸储罐和自清洗过滤器出口经第一高剪切混合泵混合以后送入酸反应罐处理，酸反应罐出口通过高压泵与来自碱液罐的碱液经浆式混合泵混合以后通过管道与酶反应罐进口管路联通，酶反应罐进口设有第二高剪切混合泵，第二高剪切混合泵入口与热水管路和酶液罐出口相连通，酶反应罐出口通过管路和高压泵与脱胶离心机进口联通，脱胶离心机分离后的轻相脱胶油去干燥储存，重相油脚进入油脚罐储存，本发明通过两次生物酶法脱胶联合前续的脱酸处理，具有深度脱胶的效果，能使原料油中磷的含量降至5‑15ppm。