本发明提供了一种外置晶振补偿电容微调的通信系统及其控制方法,包括芯片端、模块板以及测试工装上位机外接晶振，其中,芯片端设计有可调节电容阵列，模块板设计有晶振外接匹配电容，测试工装上位机通过寄存器配置实现晶振电容微调补偿。通过本发明的技术方案，可以通过工装上位机软件微调外部晶振的匹配电容从而保证量产模块出厂时时钟频率的一致性，从而提高模块间的通信质量，提高通信成功率，避免影响数据传输的实时性。通过本发明的这种微调方法，配置外部晶振微调控制寄存器的数值，对外部晶振的匹配电容进行补偿，使量产的模块在出厂时的频率保持一致性，从而保证通信数据的及时性，提高通信成功率。