本申请实施例公开了一种高效率抽真空的同位素电磁分离系统，涉及电磁分离领域，通过对真空室结构进行改动，能极大地提升真空室内抽真空的效率，进而达到提高电磁法分离同位素的效率。该高效率抽真空的同位素电磁分离系统包括壳体、配件模块和驱动场，其中，壳体内形成有真空室和至少一个配件室，真空室具有用于连通真空设备的第一管路，真空室和配件室通过可活动的第一风门连通或密封；配件模块，包括离子源和接收器，离子源和接收器中至少有一个设置在配件室内，离子源用于在真空室内发射离子，接收器用于接收离子源发射的离子的多种同位素；驱动场，用于驱动离子加速运动和偏转。本申请的高效率抽真空的同位素电磁分离系统用于分离同位素。