本发明提供一种多跟踪器位置关系实时校正方法及系统，该方法包括：获取标志点在跟踪器坐标系下坐标以及标志点自身坐标，计算预定标志点坐标系到跟踪器坐标系的转换关系，并计算跟踪器间坐标系的转换关系；当标志点同时出现在两个跟踪器视野中，则将标志点坐标系到两个跟踪器坐标系的坐标转换关系作为一对轨迹点，当达到预定数量的轨迹点时，计算两个跟踪器坐标系的转换关系，以实时更新跟踪器位置转换关系。从而可以对跟踪器位置的实时更新校正，避免跟踪器位置变动带来的影响，节省标定时间，提高跟踪器工作效率。