本发明提供了一种基于FP腔稳频的原子磁强计稳频方法及系统，包括：调节抽运光激光器的频率以使透过原子气室的第一抽运激光的光强最小；调节检测光激光器的频率以使透过原子气室的第一检测激光的光强最小；频率基准激光、第二抽运激光和第二检测激光共同进入FP腔，对FP腔施加设定扫场电压，检测频率基准激光、第二抽运激光和第二检测激光的共振透射信号，根据第二抽运激光与频率基准激光之间的透射峰位置差值对抽运激光进行稳频，根据第二检测激光与频率基准激光之间的透射峰位置差值对检测激光进行稳频。应用本发明的技术方案，以解决现有技术中饱和吸收稳频法只能锁定在对应的原子跃迁谱线附近且会引入额外频率噪声的技术问题。