本发明提供了一种原子磁强计航向误差抑制方法及系统，包括：扫描第一驱动光源的波长，将第一驱动光源的波长设定在基态第一超精细能级，计算获取第一原子气室磁共振信号与激励磁场信号的第一相位差以及第二原子气室磁共振信号与激励磁场信号的第二相位差，调节激励磁场的频率以使第一与第二相位差之和锁定在180°；扫描第二驱动光源的波长，将波长设定在基态第二超精细能级，提高第二驱动光源的功率直至第三驱动激光透过第一原子气室后的第一功率与第四驱动激光透过第二原子气室后的第二功率之和大于或等于0.9倍的第二驱动光源的功率。应用本发明的技术方案，以解决现有技术中航向误差抑制技术不适用于高灵敏度、高测量带宽等应用场景的技术问题。