本发明提供了一种集群磁识别及数据融合处理方法及使用其的系统，包括：将任意两个相邻的飞行平台划分为一个飞行单元，获取任一飞行单元的磁场数据；采用正交基方法将飞行单元的磁场数据由时域转换为能量域数据；采用加权平均法计算获取融合处理后的实际特征数据集合；计算获取无目标时飞行单元的无目标判定阈值，对实际特征数据集合和无目标判定阈值进行判断以输出有目标判断结果；重复上述过程，输出剩余各个飞行单元的目标判断结果；对各个飞行单元的目标判断结果进行决策级融合处理，根据飞行平台返回的二次目标判断结果进行目标判断。应用本发明的技术方案，以解决现有技术中集群磁探测效率随着集群中平台数量的增加而降低的技术问题。