本发明公开了一种半潜式航行体的深度检测方法，两个深度传感器分别采集艇艏深度数据和艇艉深度数据；巴特沃兹低通滤波器分别对艇艏深度数据和艇艉深度数据进行低通巴特沃兹滤波，消除艇艏深度数据和艇艉深度数据中的高频信号，得到艇艏低频深度测量值和艇艉低频深度测量值；深度融合滤波器对艇艏低频深度测量值和艇艉低频深度测量值进行融合，消除深度传感器安装位置所带来的误差信号，得到航行体深度估计值；一阶互补滤波器对航行体内置惯性导航设备采集的航行体垂向速度和航行体深度估计值进行融合，消除航行体运动带来的误差信号，得到航行体深度值；本发明能够消除航行体本身的测量误差，该方法简单可靠。