本发明公开了一种基于数字孪生的燃料电池综合管理系统及方法，所述系统包括实体电池组：用于在运行中产生动态性能参数；数字孪生模型：用于实时仿真实体燃料电池组的动态性能参数；数据采集平台：用于实时采集实体燃料电池组运行的动态性能参数，对数据进行预处理和特征提取，将提取的特征数据传输至数字孪生模型，驱动模型的运行；燃料电池与锂电池终端管理模块：为人机交互界面，用于远程实时可视化呈现数字孪生模型的运行状态，控制实体燃料电池组和数字孪生模型的调节参数。本发明可以对复杂的燃料电池系统做到远程实时可视化监控；根据数字孪生模型的运行结果及时准确的来调整物理设备的各相关物理量，使性能达到最佳状态。