本发明涉及一种异构线性集群系统时变输出编队跟踪控制方法和系统。所述异构线性集群系统时变输出编队跟踪控制方法，针对异构多智能体系统，通过构建异构多智能体系统模型、通信拓扑关系模型、传感器故障模型和执行器故障模型，能够控制不同动力学个体组成的系统形成编队，拓展了编队控制算法的使用场景。并且，在根据修正后的跟随者模型、传感器故障模型和执行器故障模型设计观测器后，基于观测器、异构多智能体系统模型和控制输入模型实现异构线性多智能体系统的时变输出编队跟踪控制，使得多智能体系统在传感器和执行器存在偏差故障的情况下，能够减弱故障对系统的影响并形成编队。