本发明属于生物发酵领域，具体涉及一种麦卢卡蜂蜜酵素组合物及其制备方法。所述制备方法包括以下步骤：S1、将麦卢卡蜂蜜过滤去除杂质，加入一定量的水并加热，之后加入果胶酶，得到混合溶液；S2、将步骤S1得到的混合溶液转移至发酵罐中，先加入活化后的植物乳杆菌发酵12h，再加入活化后的酵母菌和芽孢杆菌混合菌种，继续发酵，发酵完成后过滤杂质，喷雾干燥，得到麦卢卡蜂蜜酵素；S3、将步骤S2得到的麦卢卡蜂蜜酵素与麦芽糊精、羧甲基纤维素、魔芋粉以及辅助原料混合后使用高压均质机进行高压均质处理，最后进行真空减压干燥，即得。本发明通过对麦卢卡蜂蜜酵素的发酵工艺进行改进，有效增强麦卢卡蜂蜜酵素组合物具有的稳定性以及减肥降脂功效。