本发明涉及医疗技术领域，具体指一种关节手术导航系统中恢复注册数据的方法和装置，用于解决现有技术中由于追踪器与固定装置发生相对移动后骨头注册数据无法恢复的问题。本发明利用了固定装置和骨头之间相对位置不会发生移动的特点，获取固定装置上的定位槽位置信息所在坐标系与骨头坐标系的转换关系，在完成关节注册后，通过探针采集定位槽数据获取定位槽所在坐标系与追踪阵列坐标系转换关系，利用其不变的特点恢复追踪器与骨头的转换关系，使得导航系统可以正常追踪骨头的位置和姿态。