本发明公开一种基片集成波导双频带滤波巴伦，主要包括两个背对背放置的基片集成波导圆形腔、十字耦合槽、输入输出耦合结构、输入端口、两个差分输出端口。该滤波巴伦采用层叠结构来实现，利用基片集成波导圆形腔的TE₂₀₁模和TE₁₀₂模来设计双频带，通过调节基片集成波导圆形腔中直线型金属化通孔微扰的长度来改变高频带的中心频率，利用层叠结构来减小滤波巴伦的整体尺寸，为现有平面双频带基片集成波导双频带滤波巴伦的一半以上；此外，该滤波巴伦通过上下两个背对背放置的基片集成波导圆形腔之间的十字槽进行耦合，避免了耦合结构的辐射，调节十字耦合槽的横向和纵向长度可以分别调节两个通带的带宽。