本发明涉及一种核电厂泵房海泥厚度自动测量系统及应用。所述系统包括控制器(1)、伺服系统(6)、电缆卷筒(7)、电滑环(8)、声波传感器(9)和压力传感器(10)。本发明针对核电厂海水泵房淤泥厚度测量存在的自动化程度、测量数据呈现、现场适应性及业务化管理等一系列问题，提出了一种核电厂泵房海泥厚度自动测量系统。该方案采用运动控制和采样反馈原理，针对未知水位深度进行了特殊设计，确保声波传感器始终处于水下预设位置，实现了场地变化导致的水位差异的自适应。本发明极大提高了海泥厚度的测量效率；同时DTU终端与控制器连接，实现测量和报警数据的实时远传或短信群发，为核电厂对泵房海泥厚度业务化的高效管理提供了可行性。