本发明公开了基于波形重合度的阈值筛选时延估计方法和系统，将第一信号采集装置设置于距信号源第一距离处，将第二信号采集装置设置于距信号源第二距离处，第一信号采集装置与第二信号采集装置均与信号分析处理设备相连接，信号分析处理设备能够对第一信号采集装置和/或第二信号采集装置所采集的信号进行分析处理得到重合系数曲线，利用迭代的判定阈值对重合系数曲线进行分析，最终得到时延估计值。本发明提供的基于波形重合度的阈值筛选时延估计方法和系统在低信噪比、低采样率的情况下仍然能够得到稳定、准确的时延估计值，设计巧妙，易于实现，具有广泛的应用前景。