本发明公开了一种药品合成工艺模型的构建方法、系统和存储介质，通过建立包含有各化学结构式基础数据和基础反应式数据的化合物数据库，并基于该化合物数据库中的基于此前获取的化合物、反应式数据，自动进行物料核算并构建合成药品工艺路线，通过对反应条件参数或催化条件参数进行多组优化，从而完成药品合成工艺路线的建模和优化。解决了药品研究人员在研究过程中需进行大量重复实验需而耗费大量时间和消耗大量试剂和原料，导致研发成本高居不下的问题，为工艺放大和优化提供了有力保障，有效提高了工作效率和科研产出。